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01/04 2021
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ETABLISSEMENTS DE SANTÉ: L'ATIH LANCE SCANCOVID POUR ANALYSER LES SÉJOURS DE PATIENTS COVID

PARIS, 1er avril 2021 (APMnews) - L'Agence technique de l'information sur l'hospitalisation (ATIH) a lancé la semaine dernière un nouvel outil baptisé ScanCovid afin de restituer l'activité des établissements de santé sur les séjours des patients hospitalisés pour Covid, à partir des données du programme de médicalisation des systèmes d'information (PMSI), ont expliqué lundi à APMnews deux membres de son service "data".

Cet outil a été "conçu pour apporter une meilleure connaissance de l’épidémie à l’hôpital et apporter un éclairage à la prise de décision", explique l'agence dans un communiqué.

Il s'adresse pour le moment aux établissements de santé, agences régionales de santé (ARS), fédérations hospitalières et services du ministère des solidarités de la santé, a indiqué Pauline Renaud, cheffe du service data de l'ATIH.

Les indicateurs de ScanCovid sont construits à partir des données de l’activité des établissements en médecine chirurgie obstétrique (MCO), hospitalisation à domicile (HAD), soins de suite et de réadaptation (SSR) et psychiatrie, recueillies par le PMSI.

Contrairement aux données du système d'identification unique des victimes (Sivic), qui contient les prises en charge hospitalières des patients Covid-19 au niveau national, les données issues du PMSI sont "plus complètes mais arrivent plus tard dans le circuit", a observé Vincent Biot, datascientist à l’ATIH et concepteur de l'outil.

Ce décalage fait donc de ScanCovid un outil ayant "vocation à regarder a posteriori comment se sont passés les séjours, quelles étaient la démographie et les spécificités des séjours, plutôt qu’un outil de suivi de crise à court terme", a-t-il souligné.

"Avec la persistance de la crise sanitaire et l’arrivée de la 3e vague, cela paraissait pertinent de proposer à l’ensemble des établissements" cette application qui mutualise "les indicateurs qu’on demandait à l’ATIH", a-t-il relaté.

Actuellement, les restitutions proposées portent sur les séjours terminés en 2020. "Les premiers séjours en MCO en infra-annuel sur 2021" seront introduits "dans le courant de la semaine prochaine", a ajouté Vincent Biot. Cette actualisation concernera les séjours qui se sont terminés en janvier et février 2021, a précisé Pauline Renaud.

Les restitutions sont présentées sous forme de cartes, tableaux ou graphiques interactifs, avec plusieurs indicateurs disponibles.

"C'est un outil très visuel et interactif", développé en langage "R shiny", que l'ATIH a "voulu simple d’utilisation afin que les utilisateurs puissent aller eux-mêmes consulter les informations qui sont riches, tout en restant faciles d’accès", a souligné Pauline Renaud.

Vincent Biot a précisé que le choix avait été fait de retenir tous les patients qui ont un diagnostic Covid quelle que soit la position (principale, associée ou diagnostic relié) puis de pouvoir avoir des indicateurs "un peu plus fins". "On a fait des catégorisations de séjours qui nous paraissaient pertinents pour restituer des angles qui seraient plus intéressants."

"Même si cela ne permet pas une gestion opérationnelle au jour le jour de la crise, cela permet néanmoins d’intégrer ces indicateurs pour faire de la modélisation par exemple" pour les semaines et les mois à venir, a souligné Pauline Renaud.

L'outil propose des éléments de synthèse sur les 4 champs d'activité étudiés puis des entrées par champ.

Il est possible de choisir une période, avec une granularité en général au mois et parfois à la semaine, afin de préserver l'anonymat car les restitutions ne peuvent être faites sur des échantillons inférieurs à 11 patients. "L’intérêt, c’est de pouvoir éventuellement comparer les différentes vagues ou les séjours pour une période donnée", a souligné Vincent Biot.

En MCO, il a été décidé d'écarter les hospitalisations de jour -que certains établissements ont proposé en nombre mais qui risquaient de biaiser les chiffres-, les séances de dialyse ou de radiothérapie ainsi que les patients asymptomatiques.

"Ce qui généralement semble plus pertinent ce sont vraiment les hospitalisations complètes", a noté Vincent Biot. Il est possible ensuite de regarder les séjours en soins critiques avec une distinction quand cela est possible entre les soins intensifs, la réanimation et la surveillance continue. L'outil permet de suivre spécifiquement les séjours avec intubation car ce type de séjours intéresse les pouvoirs publics et les hospitaliers, a expliqué Vincent Biot.

Des restitutions peuvent être réalisées sous forme de cartes selon la région ou le département de prise en charge avec la possibilité d’avoir des données cumulées sur une période ou sur un mois donné et de rapporter le chiffre pour 100.000 habitants. Des régions peuvent être comparées, ce qui permet par exemple de visualiser que la première vague en Ile-de-France était beaucoup plus intense qu'en Auvergne-Rhône-Alpes et que cela s'est inversé pour la 2e vague.

Des analyses peuvent aussi être faites par catégorie d'établissements. Pour l’instant, seule une restitution globale est possible au niveau des établissements (nombre de passages ou de décès en soins critiques, nombre de décès tous séjours confondus…), avec la possibilité de choisir la période pour les 150 plus grosses structures.

Parmi les autres données d'intérêt dont on peut suivre l'évolution dans le temps, Vincent Biot a cité l'âge (moyen, médian et par tranche d'âge pour mettre en évidence un déséquilibre éventuel), le sexe, les durées moyennes de séjour ainsi que les modes d'entrée et de sortie.

Une analyse plus médicalisée peut être réalisée sur les catégories majeures de diagnostic (CMD) et les groupes homogènes de malades (GHM) ou se pencher sur les comorbidités, les complications et les symptômes. Une comparaison avec les séjours 2019 pour affections de l’appareil respiratoire permet par exemple de mettre en évidence les spécificités des séjours liés au Covid.

L'outil permet aussi d'exporter des données pour les retravailler.

Elargissement des accès et des analyses envisagé

L'accès à ScanCovid nécessite pour le moment une connexion à la plateforme de gestion des applications de l’ATIH (Plage).

Pauline Renaud a néanmoins indiqué qu'il pourrait être envisagé de prévoir deux niveaux d'accès: un pour le grand public et un autre authentifié réservé aux acteurs de santé.

L'outil a "vocation à s’enrichir en fonction des remarques et des besoins des utilisateurs", a observé Vincent Biot.

Après le travail sur les données 2021, une déclinaison de l’ensemble des analyses au niveau de l’établissement pourrait être intégrée à court terme, a-t-il expliqué.

Il jugerait aussi intéressant de regarder les Covid longs ou les parcours complexes des patients.

Pauline Renaud a indiqué que l'analyse de l'activité hospitalière publiée chaque année par l'ATIH comportera un focus sur l'activité Covid. L'application a été présentée à la direction de la recherche, des études et de l'évaluation des statistiques (Drees) afin qu'elle puisse utiliser ses indicateurs.

Interrogé sur les limites du PMSI, Vincent Biot a indiqué que certains indicateurs non codés aujourd'hui pourraient être très intéressants, comme les Covid nosocomiaux. Même s'il est possible de coder les maladies nosocomiales dans le PMSI, ce n'est pas toujours "très fiable" car cela suppose une remontée de la part des établissements qui n'y sont pas forcément incités, a-t-il observé.

cb/ab/APMnews

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PARIS, 1er avril 2021 (APMnews) - L'Agence technique de l'information sur l'hospitalisation (ATIH) a lancé la semaine dernière un nouvel outil baptisé ScanCovid afin de restituer l'activité des établissements de santé sur les séjours des patients hospitalisés pour Covid, à partir des données du programme de médicalisation des systèmes d'information (PMSI), ont expliqué lundi à APMnews deux membres de son service "data".

Cet outil a été "conçu pour apporter une meilleure connaissance de l’épidémie à l’hôpital et apporter un éclairage à la prise de décision", explique l'agence dans un communiqué.

Il s'adresse pour le moment aux établissements de santé, agences régionales de santé (ARS), fédérations hospitalières et services du ministère des solidarités de la santé, a indiqué Pauline Renaud, cheffe du service data de l'ATIH.

Les indicateurs de ScanCovid sont construits à partir des données de l’activité des établissements en médecine chirurgie obstétrique (MCO), hospitalisation à domicile (HAD), soins de suite et de réadaptation (SSR) et psychiatrie, recueillies par le PMSI.

Contrairement aux données du système d'identification unique des victimes (Sivic), qui contient les prises en charge hospitalières des patients Covid-19 au niveau national, les données issues du PMSI sont "plus complètes mais arrivent plus tard dans le circuit", a observé Vincent Biot, datascientist à l’ATIH et concepteur de l'outil.

Ce décalage fait donc de ScanCovid un outil ayant "vocation à regarder a posteriori comment se sont passés les séjours, quelles étaient la démographie et les spécificités des séjours, plutôt qu’un outil de suivi de crise à court terme", a-t-il souligné.

"Avec la persistance de la crise sanitaire et l’arrivée de la 3e vague, cela paraissait pertinent de proposer à l’ensemble des établissements" cette application qui mutualise "les indicateurs qu’on demandait à l’ATIH", a-t-il relaté.

Actuellement, les restitutions proposées portent sur les séjours terminés en 2020. "Les premiers séjours en MCO en infra-annuel sur 2021" seront introduits "dans le courant de la semaine prochaine", a ajouté Vincent Biot. Cette actualisation concernera les séjours qui se sont terminés en janvier et février 2021, a précisé Pauline Renaud.

Les restitutions sont présentées sous forme de cartes, tableaux ou graphiques interactifs, avec plusieurs indicateurs disponibles.

"C'est un outil très visuel et interactif", développé en langage "R shiny", que l'ATIH a "voulu simple d’utilisation afin que les utilisateurs puissent aller eux-mêmes consulter les informations qui sont riches, tout en restant faciles d’accès", a souligné Pauline Renaud.

Vincent Biot a précisé que le choix avait été fait de retenir tous les patients qui ont un diagnostic Covid quelle que soit la position (principale, associée ou diagnostic relié) puis de pouvoir avoir des indicateurs "un peu plus fins". "On a fait des catégorisations de séjours qui nous paraissaient pertinents pour restituer des angles qui seraient plus intéressants."

"Même si cela ne permet pas une gestion opérationnelle au jour le jour de la crise, cela permet néanmoins d’intégrer ces indicateurs pour faire de la modélisation par exemple" pour les semaines et les mois à venir, a souligné Pauline Renaud.

L'outil propose des éléments de synthèse sur les 4 champs d'activité étudiés puis des entrées par champ.

Il est possible de choisir une période, avec une granularité en général au mois et parfois à la semaine, afin de préserver l'anonymat car les restitutions ne peuvent être faites sur des échantillons inférieurs à 11 patients. "L’intérêt, c’est de pouvoir éventuellement comparer les différentes vagues ou les séjours pour une période donnée", a souligné Vincent Biot.

En MCO, il a été décidé d'écarter les hospitalisations de jour -que certains établissements ont proposé en nombre mais qui risquaient de biaiser les chiffres-, les séances de dialyse ou de radiothérapie ainsi que les patients asymptomatiques.

"Ce qui généralement semble plus pertinent ce sont vraiment les hospitalisations complètes", a noté Vincent Biot. Il est possible ensuite de regarder les séjours en soins critiques avec une distinction quand cela est possible entre les soins intensifs, la réanimation et la surveillance continue. L'outil permet de suivre spécifiquement les séjours avec intubation car ce type de séjours intéresse les pouvoirs publics et les hospitaliers, a expliqué Vincent Biot.

Des restitutions peuvent être réalisées sous forme de cartes selon la région ou le département de prise en charge avec la possibilité d’avoir des données cumulées sur une période ou sur un mois donné et de rapporter le chiffre pour 100.000 habitants. Des régions peuvent être comparées, ce qui permet par exemple de visualiser que la première vague en Ile-de-France était beaucoup plus intense qu'en Auvergne-Rhône-Alpes et que cela s'est inversé pour la 2e vague.

Des analyses peuvent aussi être faites par catégorie d'établissements. Pour l’instant, seule une restitution globale est possible au niveau des établissements (nombre de passages ou de décès en soins critiques, nombre de décès tous séjours confondus…), avec la possibilité de choisir la période pour les 150 plus grosses structures.

Parmi les autres données d'intérêt dont on peut suivre l'évolution dans le temps, Vincent Biot a cité l'âge (moyen, médian et par tranche d'âge pour mettre en évidence un déséquilibre éventuel), le sexe, les durées moyennes de séjour ainsi que les modes d'entrée et de sortie.

Une analyse plus médicalisée peut être réalisée sur les catégories majeures de diagnostic (CMD) et les groupes homogènes de malades (GHM) ou se pencher sur les comorbidités, les complications et les symptômes. Une comparaison avec les séjours 2019 pour affections de l’appareil respiratoire permet par exemple de mettre en évidence les spécificités des séjours liés au Covid.

L'outil permet aussi d'exporter des données pour les retravailler.

Elargissement des accès et des analyses envisagé

L'accès à ScanCovid nécessite pour le moment une connexion à la plateforme de gestion des applications de l’ATIH (Plage).

Pauline Renaud a néanmoins indiqué qu'il pourrait être envisagé de prévoir deux niveaux d'accès: un pour le grand public et un autre authentifié réservé aux acteurs de santé.

L'outil a "vocation à s’enrichir en fonction des remarques et des besoins des utilisateurs", a observé Vincent Biot.

Après le travail sur les données 2021, une déclinaison de l’ensemble des analyses au niveau de l’établissement pourrait être intégrée à court terme, a-t-il expliqué.

Il jugerait aussi intéressant de regarder les Covid longs ou les parcours complexes des patients.

Pauline Renaud a indiqué que l'analyse de l'activité hospitalière publiée chaque année par l'ATIH comportera un focus sur l'activité Covid. L'application a été présentée à la direction de la recherche, des études et de l'évaluation des statistiques (Drees) afin qu'elle puisse utiliser ses indicateurs.

Interrogé sur les limites du PMSI, Vincent Biot a indiqué que certains indicateurs non codés aujourd'hui pourraient être très intéressants, comme les Covid nosocomiaux. Même s'il est possible de coder les maladies nosocomiales dans le PMSI, ce n'est pas toujours "très fiable" car cela suppose une remontée de la part des établissements qui n'y sont pas forcément incités, a-t-il observé.

cb/ab/APMnews

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