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La surveillance génomique est généralement réalisée grâce au séquençage des restes d'échantillons utilisés pour un test PCR (et autres tests de détection par amplification des acides nucléiques -TAAN), rappellent Annabel Rector de l'université catholique de Louvain (Belgique) et ses collègues.

Dans cette étude publiée dans Eurosurveillance, ils ont voulu savoir s'il était également possible de caractériser le génome viral à partir des tests antigéniques, qui représentent une alternative aux TAAN, "rapide, bon marché et fiable".

En 2022 en France, 61% des tests de détection du Sars-CoV-2 utilisés ont été des tests antigéniques, selon les données de la direction de la recherche, des études de l'évaluation et des statistiques (Drees).

Durant l'automne 2022, trois pics ont été observés dans le recours aux tests antigéniques, en lien avec des périodes de grève des laboratoires de biologie médicale (cf dépêche du 02/01/2023 à 17:30). À plusieurs reprises durant cette période, Santé publique France (SPF) a souligné ne pouvoir fournir de données issues des enquêtes flash du fait d'un "nombre de séquences trop faible pour avoir des proportions robustes et interprétables", note-t-on.

Les chercheurs belges ont tenté l'extraction du génome viral à partir de bandelettes de tests antigéniques de plusieurs marques, conservés à température ambiante pendant une durée allant jusqu'à trois mois.

À l’aide de ciseaux, ils ont découpé la petite zone où apparaît la ligne test "positive" avant de la mettre au contact d'un tampon de lyse, puis de procéder à une RT-PCR et au séquençage (par méthode de Sanger et/ou séquençage du génome entier -whole genome sequencing, WGS).

Ils sont parvenus à extraire l'ARN viral du Sars-CoV-2 à partir de ces échantillons et à procéder à un séquençage, identifiant ainsi le variant impliqué. La méthode a fonctionné pour les neuf marques testées, parmi lesquelles cinq étaient restées à température ambiante pendant trois mois.

Les chercheurs montrent également que cette approche fonctionne pour d'autres virus (grippe, rotavirus et adénovirus).

"Nos résultats montrent que les bandelettes utilisées pour les tests antigéniques sont adaptées à la préservation des acides nucléiques viraux sous forme intacte, même pendant des mois et à température ambiante", concluent les chercheurs, selon lesquels cela pourrait "changer la donne dans la stratégie de surveillance du Covid-19".

Les tests antigéniques pourraient ainsi être "facilement envoyés" aux plateformes de séquençage par simple courrier, pointent-ils, faisant valoir l'intérêt de cette méthode moins coûteuse pour les pays aux ressources limitées, notamment.

(Eurosurveillance, publication en ligne du 2 mars)

sb/ab/APMnews