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31/03 2021
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COVID-19: LE VARIANT BRETON SOUS SURVEILLANCE RENFORCÉE

PARIS, 31 mars 2021 (APMnews) - La direction générale de la santé (DGS) a transféré aux établissements et professionnels de santé la nouvelle conduite à tenir pour suivre le variant 20C/H655Y du Covid-19 détecté pour la première fois en Bretagne entre janvier et mars 2021.

Par ailleurs, une équipe francilienne a publié des résultats sur un autre variant, décrit initialement à Créteil mais qui, depuis, a été détecté dans d'autres régions françaises.

La surveillance des variants du Covid-19 s'organise en France. Mardi, la DGS a envoyé un nouveau protocole pour assurer une surveillance renforcée des cas d'infection du Sars-CoV-2 liés au variant 20C/H655Y dont plusieurs cas ont été identifiés mi-mars au centre hospitalier de Lannion (Côtes-d'Armor). Le dernier bilan donné vendredi faisait état de 13 cas confirmés (dont un repéré en Ile-de-France) avec 7 décès (cf dépêche du 26/03/2021 à 15:10).

La particularité des cas confirmés est que les patients avaient des symptômes évocateurs du Covid-19 mais une RT-PCR "faiblement positive voire négative sur les prélèvements nasopharyngés habituels", rappelle la DGS.

Actuellement, des cas ont été confirmés en dehors de la Bretagne mais restent tous liés à Lannion. Toutefois, "en l’absence de données concernant une éventuelle transmissibilité accrue de ce virus et/ou une plus grande fréquence des formes sévères, ce variant est à ce stade classé comme variant à suivre (VOI, variant of interest)", indique la DGS.

Santé publique France (SPF) a élaboré 2 protocoles, de signalement et d'investigation.

Le premier protocole est à destination de tous les départements français hors Côtes-d'Armor et Finistère. Les professionnels de santé doivent signaler à l'agence régionale de santé (ARS) tous les cas évocateurs d'infection au variant 20C/H655Y et remplir un questionnaire SPF. Pour cela, trois critères doivent être réunis: un clinique, un biologique et un épidémiologique.

Le critère clinique repose sur des symptômes "d’infection respiratoire aiguë avec des signes visibles en tomodensitométrie thoracique évocateurs du Covid-19" ou "une anosmie et/ou une agueusie d’apparition brutale, sans rhinite associée".

Le critère biologique mentionne une "RT-PCR négative sur des prélèvements nasopharyngés (quels que soient les résultats d’une RT-PCR sur prélèvements profonds), en l’absence de diagnostic alternatif plus probable".

Le critère épidémiologique comprend un lien avec la zone géographique concernée par l’émergence du variant 20C/H655Y (séjour dans les Côtes-d'Armor ou dans le Finistère ou contact à risque avec une personne résidant dans cette zone) ou après un contact avec un cas probable ou confirmé d’infection par ce variant.

Le second protocole est dédié à l'investigation des cas évocateurs en dehors des Côtes-d’Armor et du Finistère.

Ainsi, les équipes régionales de l'ARS et les cellules SPF doivent investiguer chaque cas mentionné par un professionnel de santé en étudiant le questionnaire et en contactant directement le patient concerné ou le professionnel de santé déclarant.

Tous les prélèvements des cas évocateurs d’infection par le variant seront envoyés avec la mention "Suspicion 20C/H655Y" à l’une des quatre plateformes françaises EMER-GEN habilitées à séquencer le génome.

Les cas seront ensuite classés en deux catégories: cas probable ou confirmé du variant.

Les cas probables se définissent par un "résultat de séquençage partiel montrant une infection par un variant du clade 20C, sans que le résultat ne permette de conclure à une infection spécifiquement par le variant 20C/H655Y" ou par un "résultat du séquençage SANGER montrant l’infection par un variant du clade 20C et au minimum les 4 mutations retrouvées chez le variant 20C/H655Y suivantes: H66D, del144, V483A et H655Y".

Les cas confirmés se définissent par un "séquençage complet du génome confirmant l’infection par le variant 20C/H655Y", lit-on dans le document.

Les cellules régionales de SPF, en lien avec les ARS, préciseront ces résultats dans l'application Voozanoo (déjà utilisée dans la remontée des cas dans les établissements sociaux et médico-sociaux).

Publication d'une analyse du variant "Mondor" en Ile-de-France

Par ailleurs, des équipes du laboratoire de virologie, de la plateforme génomique du CHU Henri-Mondor (AP-HP), de l'Inserm et de l'Université Paris-Est Créteil décrivent l'analyse d'un nouveau variant dans une étude publiée dans Emerging Infectious Diseases, revue des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) aux Etats-Unis.

Baptisé variant "Henri-Mondor", il a été identifié au sein d'un cluster constitué de trois professionnels hospitaliers et du conjoint de l'un d'entre eux.

Parmi ces caractéristiques, le variant "Mondor" présente 2 délétions et 18 mutations d'acides aminés, dont 7 à 8 sont localisées sur la protéine spike impliquée dans la fixation et l'entrée du virus dans les cellules. Selon les premières observations des équipes de recherche, ces mutations (deux sont déjà connues dans d'autres variants) "semblent améliorer l’interaction de la protéine spike avec son récepteur et diminuer l’action des anticorps neutralisants", expliquent-ils.

Toutefois, ils précisent que d'autres études sont nécessaires afin de savoir s'il est moins contagieux que les autres variants connus, s’il est aussi bien détecté par les différents tests virologiques et s’il est associé à des formes cliniques de sévérité différente. Surtout, d'autres travaux doivent s'assurer qu'il est sensible aux traitements antiviraux et aux vaccins.

Les premiers cas ont été détectés en janvier 2021. Dans les 4 semaines suivant la première détection, le laboratoire du CHU, une des 4 plateformes EMER-GEN a identifié 29 autres patients touchés par le variant en Ile-de-France, dans le Sud-Est et le Sud-Ouest de la France.

Sa fréquence augmente depuis. Ainsi dans une enquête du 2 mars 2021, ce variant représentait 1,8% des souches séquencées sur le territoire national.

En parallèle, un autre variant a été détecté dans la région Grand Est. Contacté par APMnews le 29 mars, le CHU de Strasbourg a déclaré que ce variant circulait déjà sur le territoire et avait fait l'objet d'un signalement auprès de l'ARS Grand Est. Interrogés sur les caractéristiques de ce variant, le CHU et l'ARS ont précisé qu'il n'est pas à surveiller pour le moment et qu'il a été détecté chez des personnes peu symptomatiques.

Cartographie et suivi des variants en ligne

SPF a également annoncé le 30 mars la création d'une page dédiée à la surveillance de la circulation des variants du Sars-CoV-2.

La page détaille des informations sur la nature des variants, leur classification (variant préoccupant ou à suivre), le type de surveillance mise en place ainsi qu'une cartographie de leur présence sur le territoire (via Géodes, les variants sont appelés par leurs noms scientifiques).

(Emerging Infectious Diseases, CDC, publication anticipée en ligne le 30 mars)

sm/fb/nc/APMnews

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PARIS, 31 mars 2021 (APMnews) - La direction générale de la santé (DGS) a transféré aux établissements et professionnels de santé la nouvelle conduite à tenir pour suivre le variant 20C/H655Y du Covid-19 détecté pour la première fois en Bretagne entre janvier et mars 2021.

Par ailleurs, une équipe francilienne a publié des résultats sur un autre variant, décrit initialement à Créteil mais qui, depuis, a été détecté dans d'autres régions françaises.

La surveillance des variants du Covid-19 s'organise en France. Mardi, la DGS a envoyé un nouveau protocole pour assurer une surveillance renforcée des cas d'infection du Sars-CoV-2 liés au variant 20C/H655Y dont plusieurs cas ont été identifiés mi-mars au centre hospitalier de Lannion (Côtes-d'Armor). Le dernier bilan donné vendredi faisait état de 13 cas confirmés (dont un repéré en Ile-de-France) avec 7 décès (cf dépêche du 26/03/2021 à 15:10).

La particularité des cas confirmés est que les patients avaient des symptômes évocateurs du Covid-19 mais une RT-PCR "faiblement positive voire négative sur les prélèvements nasopharyngés habituels", rappelle la DGS.

Actuellement, des cas ont été confirmés en dehors de la Bretagne mais restent tous liés à Lannion. Toutefois, "en l’absence de données concernant une éventuelle transmissibilité accrue de ce virus et/ou une plus grande fréquence des formes sévères, ce variant est à ce stade classé comme variant à suivre (VOI, variant of interest)", indique la DGS.

Santé publique France (SPF) a élaboré 2 protocoles, de signalement et d'investigation.

Le premier protocole est à destination de tous les départements français hors Côtes-d'Armor et Finistère. Les professionnels de santé doivent signaler à l'agence régionale de santé (ARS) tous les cas évocateurs d'infection au variant 20C/H655Y et remplir un questionnaire SPF. Pour cela, trois critères doivent être réunis: un clinique, un biologique et un épidémiologique.

Le critère clinique repose sur des symptômes "d’infection respiratoire aiguë avec des signes visibles en tomodensitométrie thoracique évocateurs du Covid-19" ou "une anosmie et/ou une agueusie d’apparition brutale, sans rhinite associée".

Le critère biologique mentionne une "RT-PCR négative sur des prélèvements nasopharyngés (quels que soient les résultats d’une RT-PCR sur prélèvements profonds), en l’absence de diagnostic alternatif plus probable".

Le critère épidémiologique comprend un lien avec la zone géographique concernée par l’émergence du variant 20C/H655Y (séjour dans les Côtes-d'Armor ou dans le Finistère ou contact à risque avec une personne résidant dans cette zone) ou après un contact avec un cas probable ou confirmé d’infection par ce variant.

Le second protocole est dédié à l'investigation des cas évocateurs en dehors des Côtes-d’Armor et du Finistère.

Ainsi, les équipes régionales de l'ARS et les cellules SPF doivent investiguer chaque cas mentionné par un professionnel de santé en étudiant le questionnaire et en contactant directement le patient concerné ou le professionnel de santé déclarant.

Tous les prélèvements des cas évocateurs d’infection par le variant seront envoyés avec la mention "Suspicion 20C/H655Y" à l’une des quatre plateformes françaises EMER-GEN habilitées à séquencer le génome.

Les cas seront ensuite classés en deux catégories: cas probable ou confirmé du variant.

Les cas probables se définissent par un "résultat de séquençage partiel montrant une infection par un variant du clade 20C, sans que le résultat ne permette de conclure à une infection spécifiquement par le variant 20C/H655Y" ou par un "résultat du séquençage SANGER montrant l’infection par un variant du clade 20C et au minimum les 4 mutations retrouvées chez le variant 20C/H655Y suivantes: H66D, del144, V483A et H655Y".

Les cas confirmés se définissent par un "séquençage complet du génome confirmant l’infection par le variant 20C/H655Y", lit-on dans le document.

Les cellules régionales de SPF, en lien avec les ARS, préciseront ces résultats dans l'application Voozanoo (déjà utilisée dans la remontée des cas dans les établissements sociaux et médico-sociaux).

Publication d'une analyse du variant "Mondor" en Ile-de-France

Par ailleurs, des équipes du laboratoire de virologie, de la plateforme génomique du CHU Henri-Mondor (AP-HP), de l'Inserm et de l'Université Paris-Est Créteil décrivent l'analyse d'un nouveau variant dans une étude publiée dans Emerging Infectious Diseases, revue des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) aux Etats-Unis.

Baptisé variant "Henri-Mondor", il a été identifié au sein d'un cluster constitué de trois professionnels hospitaliers et du conjoint de l'un d'entre eux.

Parmi ces caractéristiques, le variant "Mondor" présente 2 délétions et 18 mutations d'acides aminés, dont 7 à 8 sont localisées sur la protéine spike impliquée dans la fixation et l'entrée du virus dans les cellules. Selon les premières observations des équipes de recherche, ces mutations (deux sont déjà connues dans d'autres variants) "semblent améliorer l’interaction de la protéine spike avec son récepteur et diminuer l’action des anticorps neutralisants", expliquent-ils.

Toutefois, ils précisent que d'autres études sont nécessaires afin de savoir s'il est moins contagieux que les autres variants connus, s’il est aussi bien détecté par les différents tests virologiques et s’il est associé à des formes cliniques de sévérité différente. Surtout, d'autres travaux doivent s'assurer qu'il est sensible aux traitements antiviraux et aux vaccins.

Les premiers cas ont été détectés en janvier 2021. Dans les 4 semaines suivant la première détection, le laboratoire du CHU, une des 4 plateformes EMER-GEN a identifié 29 autres patients touchés par le variant en Ile-de-France, dans le Sud-Est et le Sud-Ouest de la France.

Sa fréquence augmente depuis. Ainsi dans une enquête du 2 mars 2021, ce variant représentait 1,8% des souches séquencées sur le territoire national.

En parallèle, un autre variant a été détecté dans la région Grand Est. Contacté par APMnews le 29 mars, le CHU de Strasbourg a déclaré que ce variant circulait déjà sur le territoire et avait fait l'objet d'un signalement auprès de l'ARS Grand Est. Interrogés sur les caractéristiques de ce variant, le CHU et l'ARS ont précisé qu'il n'est pas à surveiller pour le moment et qu'il a été détecté chez des personnes peu symptomatiques.

Cartographie et suivi des variants en ligne

SPF a également annoncé le 30 mars la création d'une page dédiée à la surveillance de la circulation des variants du Sars-CoV-2.

La page détaille des informations sur la nature des variants, leur classification (variant préoccupant ou à suivre), le type de surveillance mise en place ainsi qu'une cartographie de leur présence sur le territoire (via Géodes, les variants sont appelés par leurs noms scientifiques).

(Emerging Infectious Diseases, CDC, publication anticipée en ligne le 30 mars)

sm/fb/nc/APMnews

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